Ministério das Relações Exteriores
Burton agora entrou no Ministério das Relações Exteriores britânico como cônsul em Fernando Po, uma ilha espanhola na costa da África Ocidental. Durante seus três anos lá, ele fez muitas viagens curtas de exploração pela África Ocidental, reunindo material suficiente para encher cinco livros. Suas descrições explícitas de rituais tribais sobre nascimento, casamento e morte, além de fetichismo, assassinato ritual, canibalismo e práticas sexuais bizarras, embora admiradas pelos antropólogos modernos, não lhe agradaram o Ministério das Relações Exteriores, que o considerava excêntrico, se não perigoso.
Retornando a Londres em licença em setembro de 1864, Burton foi convidado a debater com Speke perante a Associação Britânica para o Avanço da Ciência. Speke, que com o soldado e explorador britânico James Augustus Grant fizera uma viagem memorável de Zanzibar ao lago Victoria e depois por toda a extensão do Nilo, esperava defender sua convicção de que o lago Victoria era a verdadeira fonte do Nilo. Após a sessão preliminar em 15 de setembro, Speke foi caçar, morrendo misteriosamente como resultado de uma ferida de espingarda no peito. O júri do legista determinou a morte como um acidente, mas Burton acreditava que fosse um suicídio. Ele escreveu angustiado a um amigo: "A caridade diz que ele se matou, a caridosa diz que eu a matei."
Burton passou os quatro anos seguintes como cônsul em Santos, Brasil, onde escreveu um livro nas terras altas do Brasil (1869) e traduziu Vikram e o vampiro, ou Tales of Hindu Devilry (1870). Ele também começou a traduzir as obras do romântico poeta-explorador português Luís de Camões, com quem sentiu um profundo senso de parentesco. No entanto, seu trabalho não o ajudou a superar sua crescente aversão ao Brasil. Ele tomou para beber e, finalmente, enviou sua esposa dedicada a Londres para obter um cargo melhor para ele. Ela conseguiu convencer o ministro das Relações Exteriores a nomear o cônsul de Burton em Damasco.
De volta ao Oriente Médio, que ele amava, Burton por um tempo teve muito sucesso como diplomata; mas a intriga muçulmana, complicada pelas indiscrições proselitistas de sua esposa católica romana, resultou em sua humilhante demissão em agosto de 1871. Os detalhes desse evento foram registrados por Isabel Burton em sua animada e defensiva Vida Interior da Síria (1875).
