O rio Kootenay, também escrito Kootenai, flui no oeste da América do Norte, subindo nas montanhas rochosas a oeste de Banff, Alta., Can. Ele flui para o sul através do Parque Nacional Kootenay, na Colúmbia Britânica, Can., Saindo das Montanhas Rochosas para fluir geralmente ao sul na trincheira das Montanhas Rochosas. Vai para o sul, em Montana, EUA, em um amplo laço em forma de U e depois para o norte, para Idaho e de volta para o Canadá, antes de se estender para o longo e estreito lago Kootenay, na Colúmbia Britânica; do braço ocidental do lago deságua no rio Columbia em Castlegar.
Cerca de 130 milhas (210 km) do comprimento de 485 milhas (780 quilômetros) do rio estão nos Estados Unidos. O Kootenay cai 111 metros nos 40 km entre o lago Kootenay e o rio Columbia. Nesta seção, várias barragens fornecem energia para a fundição e refinaria de metais comuns em Trail, BC O rio é navegável de Bonners Ferry, Idaho, para Nelson, BC
O Kootenay, explorado em 1807 pelo comerciante de peles britânico David Thompson e outrora chamado de Flat Bow, deriva seu nome de uma palavra indiana que significa "povo da água".