Igreja Ortodoxa Japonesa, órgão autônomo da Igreja Ortodoxa Oriental, em relação canônica com o patriarcado de Moscou, que confirma a eleição da região metropolitana de Tóquio. A Igreja Ortodoxa Japonesa foi criada pelos esforços de um destacado missionário, Nikolay Kasatkin (1836–1912), que se tornou o primeiro arcebispo ortodoxo do Japão e foi canonizado como santo em 1970.
Desde o início da missão (1872), a igreja nunca foi dependente de pessoal missionário estrangeiro. Sacerdotes japoneses são ordenados após serem treinados em um seminário em Tóquio, e uma assembléia de clérigos e leigos está no controle total dos assuntos da igreja. Esse caráter indígena da ortodoxia japonesa permitiu que ela sobrevivesse a vários julgamentos políticos e períodos de isolamento, como a Guerra Russo-Japonesa e as duas Guerras Mundiais. Entre 1945 e 1970, a igreja estava sob jurisdição eclesiástica do metropolita russo da América. Em 1970, recebeu um estatuto autônomo permanente do patriarcado de Moscou, sua igreja mãe. A catedral ortodoxa de Tóquio - chamada Nikolay Cathedral, por seu fundador, Nikolay Kasatkin - é um dos maiores edifícios religiosos da capital japonesa. A igreja, com cerca de 30.000 membros, possui dioceses em Tóquio, Kyōto e Sendai.
