A independência da América Central foi proclamada pela primeira vez em 15 de setembro de 1821, mas o México subjugou a área por dois anos. A bandeira das recém-independentes Províncias Unidas da América Central foi adotada em 21 de agosto de 1823 e consistia em listras azul-branco-azul com o brasão nacional no centro. Essas armas incluíam basicamente os mesmos elementos de design que a Nicarágua usa hoje. Mesmo depois que os cinco estados membros da federação se tornaram países independentes, a Nicarágua continuou a hastear a antiga bandeira. Finalmente, em 1854, foi escolhida uma nova tricolor nicaragüense horizontal de amarelo-branco-escarlate, mas não voou por muito tempo. A guerra civil e a intervenção dos caçadores de aviação norte-americanos (aventureiros militares) resultaram subsequentemente em várias bandeiras sendo introduzidas e rapidamente substituídas.
Em 1908, a antiga bandeira da federação foi readaptada como bandeira nacional da Nicarágua, com as devidas modificações no brasão de armas. Esse projeto básico, com novas mudanças no brasão, foi reafirmado pela lei de 27 de agosto de 1971, embora a bicolor horizontal vermelha e preta do movimento sandinista fosse de fato uma bandeira nacional secundária durante os anos do governo sandinista (1979 -90). O brasão de armas da bandeira inclui um triângulo para a igualdade, um limite de liberdade para a liberdade e cinco vulcões entre dois oceanos, simbólicos dos cinco países da América Central originais entre as bacias dos oceanos Atlântico e Pacífico.
