O Conselho de Trento.
Em maio de 1536, o papa Paulo publicou uma bula de convocação para que seu conselho proposto fosse realizado em Mântua. Ele também autorizou um grupo seleto de cardeais a elaborar um relatório sobre os abusos dentro da igreja. Guiado pelo cardeal Gasparo Contarini, este grupo denunciou a ordenação de padres mal preparados, a seleção de bispos incompetentes, a acumulação de benefícios e a decadência das ordens religiosas, da pregação e do cuidado das almas. O relatório, no entanto, caiu nas mãos dos protestantes e foi usado por Lutero em um violento ataque à Igreja Romana e ao papado. No entanto, o papa seguiu seus planos de realizar o conselho, programado para abrir em 23 de maio de 1537, em Mântua. Com paciência infinita, Paulo procurou superar a oposição do Imperador, reis, prelados e príncipes, prorrogando e adiando a abertura do conselho repetidas vezes ao longo de nove anos, mas finalmente conseguindo tê-la inaugurada por seu legado, cardeal Giovanni del Monte, em Trento, em 13 de dezembro de 1545.
Em deferência ao clamor dos protestantes, o Imperador insistiu que o conselho se restringisse principalmente a lidar com disciplina e reforma. Não obstante, prevaleceu a decisão do papa de que a doutrina tivesse precedência e, nas primeiras sessões, o Concílio de Trento elaborou decretos sobre o cânon das Escrituras, o pecado original, a justificação e os sacramentos, bem como a reforma. O medo da praga e a ameaça de um ataque das forças protestantes armadas levaram o papa a aceitar a transferência do conselho para Bolonha em fevereiro de 1548. Mas o imperador proibiu que os prelados espanhóis e alemães fossem a Bolonha, e o papa teve que suspender o conselho em 17 de setembro de 1549. No entanto, essa primeira fase do Concílio de Trento havia alcançado um passo substancial adiante, levando a uma profunda reforma do ensino e da disciplina da Igreja.
Ao longo de seu pontificado, o Papa Paulo visitou com frequência pontos problemáticos nos Estados papais e além. Ele esteve em Civitavecchia em 1535 e 1537; visitou Lucca e Piacenza a caminho de Nice em 1538; apareceu em Perugia para pacificar a cidade depois que suas forças quebraram o poder da família Colonna em 1540; e em 1543 visitou Bolonha a caminho de Busseto para encontrar o imperador.
