Embora houvesse movimentos secessionistas no Panamá quando fazia parte da Colômbia durante o século 19, não havia bandeira panamenha reconhecida. Em 1903, quando o Senado da Colômbia rejeitou o tratado proposto com os Estados Unidos que proporcionaria a construção de um canal do Panamá, os americanos ajudaram o movimento de independência do Panamá e a República do Panamá foi formada.
Inicialmente, foi proposto um design da bandeira que utilizava as cores da bandeira colombiana. Consistia em faixas horizontais iguais de vermelho e amarelo com um cantão azul com dois sóis amarelos ligados, simbolizando a ligação das duas metades do planeta pelo futuro Canal do Panamá. O desenho da bandeira que foi finalmente escolhido tornou-se oficial em 4 de julho de 1904; foi dividido trimestralmente com duas estrelas. O simbolismo atribuído foi a alternância dos dois principais partidos políticos no governo (originalmente, vermelho era para os liberais, azul era para os conservadores e branco era para a paz entre eles), embora as cores e as estrelas sugerissem claramente a influência da bandeira da os Estados Unidos. A bandeira panamenha foi desenhada por Manuel E. Amador, filho do primeiro presidente da nova república.
