Roderick MacKinnon, (nascido em 19 de fevereiro de 1956, Burlington, Massachusetts, EUA), médico americano, co-participante do Prêmio Nobel de Química em 2003 por sua pesquisa pioneira em canais de íons nas membranas celulares. Ele compartilhou o prêmio com Peter Agre, também dos Estados Unidos.
MacKinnon obteve seu diploma de MD pela Faculdade de Medicina da Universidade Tufts em 1982. Depois de praticar medicina por vários anos, voltou-se para a pesquisa básica, começando em 1986 com um trabalho de pós-doutorado em canais iônicos na Universidade Brandeis. Em 1989, ingressou na Universidade de Harvard e, em 1996, mudou-se para a Universidade Rockefeller como professor e chefe de laboratório. Um ano depois, ele foi nomeado investigador no Howard Hughes Medical Institute, de Rockefeller.
De particular importância para o sistema nervoso e o coração, os canais iônicos são aberturas especializadas nas membranas celulares que permitem que íons, como potássio e sódio, fluam facilmente para dentro e para fora das células; estruturas semelhantes também existem para a passagem da água. O trabalho inovador de MacKinnon focou em "filtros" em canais que passavam por um tipo de íon enquanto bloqueavam outros. Para entender como esses filtros funcionam, ele obteve imagens mais nítidas dos canais usando a difração de raios-X. Em 1998, ele determinou a estrutura molecular tridimensional de um canal de íons. MacKinnon descobriu que o canal possui uma arquitetura dimensionada de maneira a remover facilmente os íons potássio - mas não os íons sódio - de suas moléculas de água associadas e permitir que eles penetrem. Ele também encontrou um "sensor" molecular no final do canal mais próximo ao interior da célula que reage às condições ao redor da célula, enviando sinais que abrem e fecham o canal nos momentos apropriados. Seu trabalho pioneiro permitiu aos cientistas buscar o desenvolvimento de medicamentos para doenças nas quais os canais iônicos desempenham um papel.
