A Bósnia, com sua população étnica mista, nunca desenvolveu símbolos nacionais distintos. Sob a Iugoslávia liderada pelos comunistas de 1946 a 1991–92, por exemplo, a República Socialista da Bósnia e Herzegovina simplesmente usou uma faixa vermelha com uma pequena versão da bandeira nacional iugoslava no cantão. Na época em que a independência foi proclamada em 3 de março de 1992, não existia bandeira aceitável pelos bósnios, sérvios e croatas do país. O governo dominado pela Bósnia, portanto, adotou o que esperava ser um símbolo neutro do passado distante. Escolheu o brasão de armas usado pelo rei Stjepan Tomaš (reinou em 1443-61), que atribuiu ao maior governante da Bósnia medieval, Tvrtko I (1377-91). Aquele escudo azul com uma faixa diagonal branca separando seis flor-de-lis de ouro foi colocado no centro de uma bandeira branca. A versão artística, adotada oficialmente em 4 de maio de 1992, foi criada por Zvonimir Bebek.
Esta bandeira foi rejeitada por muitos croatas e sérvios quando a nação entrou em guerra civil. Os acordos de paz assinados em Dayton, Ohio, EUA, no final de 1995 reconheceram a divisão do país entre a República Sérvia e a Federação da Bósnia e Herzegovina, freqüentemente chamada de federação croata-muçulmana. Cada estado tinha seus próprios símbolos, e os croatas continuaram a usar a bandeira croata em preferência à bandeira da federação, mas a bandeira da república de 1992 ainda era reconhecida internacionalmente.
Os acordos de 1995 pediam a eventual criação de uma bandeira para substituir o desenho de 1992, mas o legislador nacional era ineficaz nesse sentido. Assim, as Nações Unidas estabeleceram uma nova bandeira (4 de fevereiro de 1998) que não podia ser simbolicamente ligada a um único grupo étnico, religioso ou político.
